背封袋的缺點同樣非常鮮明,首先復合膜先分切后每列分別制袋的方式決定了背封袋對包材/包裝設備的適應性更差,同時背封袋的袋型決定了其后續整理裝盒的難度更高,因此背封袋初期設備投資巨大,運行維護成本較高(也正因為進入門檻高,才凸顯出背封袋袋的外觀差異化優勢)。其次,背封袋袋的橫封位置是將縱封邊與復合膜袋一起進行封合,因此熱封難度高,袋密封性低于四邊封袋形式,袋密封失敗的風險也明顯高于四邊封袋。